मंत्रालय ने कहा है कि जिस प्रकार की रिपोर्ट में आई हुई है वह नकली और मनगढ़ंत है, जो खालिस्तानियों के संबंध में 'गुप्त सूचनापत्र' के बारे में है। पाकिस्तानी खुफिया एजेंसी द्वारा फैलाए जाने वाले नकली कथानकों का यह प्रसार करनेवाली प्रकाशकरण पहचाने जाने की कथा है।
एमईए ने खालिस्तानियों के बारे में 'गुप्त मेमो' की रिपोर्ट पर मुठभेड़ की प्रविष्टि: विदेशी मामलों मंत्रालय (एमईए) ने दृढ़ता से खंडन किया है कि एक समाचार रिपोर्ट में दावा किया गया है कि इस वर्ष की शुरुआत में भारतीय मिशनों को एक "विशुद्ध प्रहार योजना के खिलाफ सिख विदेशवासियों के संगठनों" पर हमला करने के लिए 'गुप्त मेमो' जारी किया गया था। "हम दृढ़ता से कहते हैं कि ऐसी रिपोर्टें जाली हैं और पूरी तरह से छद्म हैं। ऐसा कोई मेमो नहीं है", एमईए के प्रवक्ता अरिंदम बागची ने कहा। डिजिटल समाचार प्लेटफॉर्म द परकेप्ट द्वारा प्रकाशित रिपोर्ट के बारे में सवालों के जवाब में मंगलवार, 10 दिसंबर, 2023 को कहा गया। उन्होंने कहा कि यह भारत के खिलाफ "निरंतर अव्यवस्था प्रचारणा अभियान" का हिस्सा था। "पाकिस्तानी खुफिया एजेंसियों द्वारा फैलाए जाने वाले जाली कथाएँ फैलाने के लिए प्रसिद्ध होने वाला इस संदर्भ में प्रमाण पोस्टें दूसरी धारा की इसे पुष्टि करती हैं", एमईए के प्रवक्ता बागची ने कहा। "ऐसी जाली खबरों को बढ़ावा देने वाले वे अपनी प्रतिष्ठा की चोट पर कार्य करते हैं", उन्होंने जोड़ा। दिसंबर 10, 2023 को द परकेप्ट द्वारा प्रकाशित रिपोर्ट दावा करती है कि भारतीय सरकार ने उत्तरी अमेरिका में अपने कॉन्सुलेट मिशनों को पश्चिमी देशों में सिख दियास्पोरा संगठनों के खिलाफ एक "विशुद्ध प्रहार योजना" शुरू करने के लिए निर्देश दिए थे, जो भारत के विदेश मंत्रालय द्वारा अप्रैल 2023 में जारी एक गुप्त मेमो के अनुसार थे। "इंटरसेप्ट द्वारा प्राप्त किया गया मेमो, जिसमें कनाडा के नागरिक हरदीप सिंह निज्जर भी शामिल हैं, यह भारत की खुफिया एजेंसियां द्वारा जांच के तहत सिख विरोधियों की कई गुप्तांकन्याओं की सूची देता है", रिपोर्ट दावा करती हैं। महीने पहले, अमेरिकी न्याय विभाग के एक अधिकारी ने भारतीय एक नागरिक के खिलाफ आरोप लगाए थे, जिसमें उन्होंने दावा किया था कि वह एक भारतीय खुफिया अधिकारी के साथ मिलकर कथित रूप से खालिस्तानी अलगाववादी गुरपतवंत सिंह पन्नून की न्यूयॉर्क सिटी में हत्या करने की योजना बना रहे थे। नवंबर 29, 2023 को मीडिया पर प्रश्नों के जवाब में एमईए के अधिकारी प्रवक्ता बागची ने कहा, "हमने पहले ही कहा है कि भारत के बारम्बारिक सुरक्षा सहयोग पर चर्चा के दौरान, टकराव कर्मठ अपराधियों, बंदूक चलाने वाले, आतंकवादी और अन्य लोगों के बीच संबंध के कुछ योगान्तर अमेरिकी पक्ष ने दिए।" एमईए ने संबंधित कार्यकारी विभागों की जांच कर रहे थे क्योंकि भारत ने इस तरह की उपभोक्ता का ध्यान रखा है, जो हमारे राष्ट्रीय सुरक्षा हितों पर प्रभाव डालते हैं, उन्होंने जोड़ा। "इस संदर्भ में, सूचित किया जाता है कि 18 नवंबर 2023 को भारत सरकार ने इस मामले के सभी महत्वपूर्ण पहलुओं की जांच करने के लिए एक उच्च स्तरीय जांच समिति का गठन किया है," एमईए के प्रवक्ता ने कहा। पहले ही कटनाडा में खालिस्तानी आतंकी हरदीप सिंह निज्जर की हत्या में भारतीय सरकारी एजेंट्स शामिल रहे, कैनेडियाई प्रधानमंत्री जस्टिन ट्रूडो ने आरोप लगाए थे। भारत ने दावों को खारिज करके उन्हें "राजनीतिक दबाव से चला हुआ" बताया था। कनाडा ने इस आरोप की दोहरावाही करने के बाद नवंबर 30, 2023 को मीडिया प्रश्नों का जवाब दिया गया, एमईए के प्रवक्ता बागची ने कहा, "जहां तक कनाडा की बात है, हमने कहा है कि उन्होंने स्थिर रूप से भारत विरोधी उग्रवादियों और उनकी हिंसा को जगह दी है। और यही पर बात की गई है। कनाडा में हमारे बाहरी मामलों में कनाडा सरकार द्वारा वीना संधि के अनुबंध के अंतर्गत किये गए कथन में दखल दिखाई दी है। हमने हमारे आंतरिक मामलों में कनाडा के दूतावास पदाधिकारियों द्वारा हस्तक्षेप भी देखा है।"